หลักการทำงานของไมโครพิปเอ็ทเกิดจากการเคลื่อนที่ของลูกสูบและการสร้างสุญญากาศหรือแรงดัน ไมโครพิปเอ็ทสามารถแบ่งออกเป็น两类: ระบบลูกสูบแก๊สและระบบลูกสูบภายนอก นี่คือคำอธิบายโดยละเอียด:
1. ระบบลูกสูบแก๊ส ระบบนี้มีอากาศอยู่ภายใน และเมื่อกดปุ่มควบคุม ลูกสูจจะผลักอากาศบางส่วนออกจากท่อพิเปต สร้างแรงดูดในหัวดูดเพื่อดูดน้ำยา เมื่อปล่อยปุ่ม ช่องว่างที่เกิดจากการดูดจะเต็มไปด้วยของเหลว ซึ่งถูกดูดเข้ามาในหัวดูดและปล่อยออกโดยการกดลูกสูบลง ระบบลูกสูบภายนอก ในระบบชนิดนี้ ลูกสูบจะสัมผัสกับของเหลวเป้าหมายโดยตรง เมื่อดึงลูกสูบขึ้น แรงดันบรรยากาศจะบีบให้ของเหลวไหลเข้าสู่หัวดูด
นอกจากนี้ ยังสามารถปรับความจุของพิเปตได้โดยการหมุนปุ่มควบคุมปริมาตรของพิเปต อีกทั้งความแม่นยำของพิเปตก็ขึ้นอยู่กับการออกแบบ เช่น ความยืดหยุ่นของสปริง ซึ่งกำหนดความสามารถในการดูดและปล่อยของพิเปต